இறைவன் பட்டீசுவரசுவாமி,இறைவிக்குப் பச்சைநாயகி என்று தமிழிலும், மரகதவல்லி என்று வடமொழியிலும் திருப்பெயர்கள் வழங்கப்படுகிறது, சிவன்கோயில் என்றாலும் சிற்பங்களில் வைணவமும் ஏராளமாக இணைந்துள்ளது. ஆஞ்சநேயர், ஸ்ரீமாய கிருஷ்ணர் என்று அங்காங்கே தூண்களில் கலையுடன் சமய ஒற்றுமையும் சேர்ந்து மிளிர்கிறது.
பேரூர் நகரின் வரலாற்றைப் பார்க்கையில், இக்கோயிலில் பலவிதக்கலைப்பாணிகளும் சங்கமித்துள்ளது அதிசயமில்லை என்று புரிகிறது. அகழ்வாராய்ச்சிகளின் போது ரோமானிய நாணயங்கள் இப்பகுதியில் கண்டெடுக்கப்பட்டுள்ளன. இது கி.மு. காலத்தில் தோன்றிய ஊர். பின்னர் கி.பி.ஏழாம் நூற்றாண்டு வரை, பல்லவர்கள், சேர, சோழ ஆதிக்கம், கொங்கு, பாண்டியர் ஆட்சி, விஜய நகர அரசர்களின் கட்டுப்பாடு, மதுரை நாயக்கர்களின் அதிகாரம், இறுதியாக மைசூர் மன்னர்களின் அரசாங்கம் – என்று தென்னாட்டில் முக்கிய வம்சத்து அரசரகளின் கொடி நாட்டிய இடம் இப்பகுதி.
‘ஆரூரார் பேரூரார்’ என்றும் ‘பேரூர் பிரமபுரம் பேராவூரும்’ என்றும் அப்பர் சுவாமிகள் தனது சேஷத்திரக்கோவையில் இரண்டிடங்களில் குறிப்பிட்டிருக்கிறார். எனவே சுமார் கி.பி. 650க்கு முன்னரே பேரூர் பட்டிசுவரர் ஆலயம் கட்டப்பட்டிருக்க வேண்டும். பேரூர் பற்றிய தனித்தேவாரம் மறைந்து போய் விட்டதாகக் கருதப்படுகிறது.
கச்சியப்ப முனிவர் இத்தலம் பற்றிய விரிவான தலவரலாறு இயற்றியுள்ளார்.
சுயம்புவாக சுவாமி தோன்றியது. குயிலாயத்தில், உமாதேவி சமேதராக சிவபெருமான் இருக்கையில், நந்தி பகவான் அவரிடத்தில் “தாங்கள் எழுந்தருளியுள்ள தலங்களுள் இந்தக் கயிலாயத்திற்கு நிகராகக் கருதக்கூடியது எது” என ஒரு சந்தேகம் கேட்க, அதற்கு பெருமான பதில் கூறியபோது “உத்தர கயிலாயம், மத்திய கயிலாயம், தட்சிண கயிலாயம் என மூன்று உள்ளன. அவை ஒத்த சிறப்புடையவை தாம். ஆனால், எளிய மனிதரும் முக்தி அடையக்கூடிய திருத்தலச்சிறப்பு திருப்பேரூர் என்கிற தட்சிண கயிலாயத்துக்கே உண்டு “என்றாராம்.”